Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup Dan Kehutanan RI Nomor P.17 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal KSDAE. Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam adalah organisasi pelaksana tugas teknis di bidang konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistem yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam Dan Ekosistem Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.
Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam mempunyai tugas mempunyai tugas melaksanakan penyelenggaraan konservasi sumber daya alam dan ekosistemnya di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, konservasi keanekaragaman hayati ekosistem, spesies, dan genetik, dan koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya dan kawasan ekosistem esensial atau kawasan dengan nilai konservasi tinggi, sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Dalam melaksanakan tugasnya, Unit Pelaksana teknis Konservasi Sumber Daya Alam menyelenggarakan fungsi :
1. inventarisasi potensi, penataan kawasan dan penyusunan rencana pengelolaan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam dan taman buru;
2. pelaksanaan perlindungan dan pengamanan kawasan, pemeliharaan batas cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
3. pengendalian dampak kerusakan sumber daya alam hayati;
4. pengendalian kebakaran hutan di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam dan taman buru;
5. pengawetan spesies tumbuhan dan satwa liar beserta habitatnya serta sumber daya genetik dan pengetahuan tradisional di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
6. pengelolaan keamanan hayati, surveilans dan pengendalian penyakit infeksi bersumber dari satwa liar, dan pengendalian jenis invasif di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
7. pemanfaatan berkelanjutan jasa lingkungan di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam dan taman buru;
8. evaluasi pengelolaan dan kesesuaian fungsi cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
9. pemulihan ekosistem dan penutupan kawasan;
10. penyiapan pembentukan dan operasionalisasi kesatuan pengelolaan hutan konservasi;
11. penyediaan data dan informasi konservasi sumber daya alam dan ekosistem;
12. penyelenggaraan kerja sama bidang konservasi sumber daya alam dan ekosistem;
13. pengawasan dan pengendalian peredaran spesies dan genetik tumbuhan dan satwa liar;
14. koordinasi teknis penetapan dan pengelolaan koridor hidupan liar dan kawasan ekosistem esensial atau kawasan dengan nilai konservasi tinggi;
15. koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya;
16. pelaksanaan bina cinta alam dan penyuluhan konservasi sumber daya alam dan ekosistem;
17. penyelenggaraan kemitraan konservasi di dalam cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
18. pemberdayaan masyarakat di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru;
19. pengelolaan kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru; dan
20. pelaksanaan penyusunan rencana, program, anggaran dan pelaporan, urusan administrasi kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, kerja sama, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat, advokasi hukum, pelayanan perizinan, dan pengelolaan data dan informasi.
Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup Dan Kehutanan RI Nomor P.17 Tahun 2022, Balai Konservasi Sumber Daya Alam Yogyakarta termasuk dalam Unit Pelaksana teknis Konservasi Sumber Daya Alam Kelas II Tipe B, yang terdiri:
- Sub Bagian Tata Usaha
- Seksi Konservasi Wilayah I yang meliputi wilayah Kabupaten Sleman, Kulonprogo dan Kota Yogyakarta.
- Seksi Konservasi Wilayah II yang meliputi wilayah Kabupaten Bantul dan Gunungkidul.
- Kelompok Jabatan Fungsional (Perencana, Polisi Kehutanan, Pengendali Ekosistem Hutan, dan Penyuluh Kehutanan)