SEJARAH SINGKAT BALAI KSDA YOGYAKARTA
 
Pada tahun 1964 Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki Rayon Perlindungan Pelestarian Alam (PPA) Yogyakarta yang merupakan bagian dari Seksi PPA Jawa Tengah. Kondisi ini berlangsung hingga tahun 1974. Selanjutnya pada periode tahun 1974 sampai dengan 1984, Seksi PPA Jawa Tengah dipecah menjadi dua bagian wilayah yakni Seksi PPA Jawa Tengah I yang meliputi wilayah Semarang Bagian Barat, dan Seksi PPA Jawa Tengah II yang meliputi wilayah Semarang Timur. Untuk Rayon PPA Yogyakarta sendiri termasuk ke dalam bagian Seksi PPA Jawa Tengah II.
 
Pada periode tahun 1984 hingga 1998, organisasi KSDA Yogyakarta berubah menjadi Sub Seksi KSDA yang merupakan salah satu dari 7 (tujuh) Sub Seksi KSDA di wilayah Jawa Tengah yang berada di bawah koordinasi Sub Balai KSDA Jawa Tengah.
Terbitnya SK Menhutbun No 204/Kpts-II/1998 tanggal 27 Pebruari 1998, mengakibatkan terjadinya perubahan organisasi KSDA yang ditingkatkan kelas eselonisasinya dari Eselon V menjadi Eselon IV yang disebut sebagai Unit KSDA Yogyakarta dengan Kepala Unit nya pada waktu itu dijabat oleh Ir. Wiratno, M.Sc.
 
Selanjutnya berdasarkan Kepmenhut No. 6187/Kpts-II/2002 tanggal 27 Februari 1998, organisasi KSDA Yogyakarta resmi ditingkatkan kelas eselonisasinya menjadi eselon III tipe C sebagai Balai KSDA Yogyakarta dengan Kepala Balainya Ir. Kuspriyadi Sulistyo, M.P yang menjabat selama periode tahun 2002 hingga tahun 2005.
 
Adanya perpindahan tugas Ir. Kuspriyadi Sulistyo, M.P ke Balai KSDA Jawa Timur pada tahun 2005 sehingga kepemimpinan organisasi Balai KSDA Yogyakarta beralih kepada Ir. Udin Subagiyono selama hampir 2 tahun dari tahun 2005 – 2006 hingga beliau pensiun di bulan November 2006.
 
Sebagai pengganti Ir. Udin Subgiyono, ditunjuklah Ir. Titus Muladi Widjaya sebagai Kepala Balai KSDA Yogyakarta periode 2006 hingga 2008. Ir. Titus Muladi Widjaya memasuki masa pensiun pada Bulan Juni 2008 dan selanjutnya digantikan oleh Ir. Djohan Utama Perbatasari, MM yang dilantik menjadi Kepala Balai KSDA Yogyakarta sejak Bulan Agustus 2008 hingga beliau pindah tugas ke Balai KSDA Kalimantan Barat pada bulan Desember 2010. 
 
Pada awal tahun 2011 tepatnya di Bulan Januari 2011 nahkoda baru Balai KSDA Yogyakarta dipegang oleh Ir. Herry Subagiadi, M.Sc yang memipin organisasi Balai KSDA Yogyakarta hingga September 2012. Kepindahan Ir. Herry Subagiadi, M.Sc ke tempat penugasan yang baru di Balai Besar TN Gunung Gede Pangrango menyebabkan adanya kekosongan jabatan Kepala Balai KSDA Yogyakarta yang selanjutnya diisi oleh Ir. Ammy Nurwati, M.M sebagai Kepala Balai wanita pertama yang memegang kepemimpinan Balai KSDA Yogyakarta sejak tahun 2012 hingga Desember tahun 2016 dan beliau selanjutnya ditugaskan sebagai Kepala Balai TN Gunung Merapi. Pada tahun 2016, berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016, Balai Konservasi Sumber Daya Alam Yogyakarta termasuk dalam Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam  Tipe B.
 
Selanjutnya sebagai pengganti Ir. Ammy Nurwati, M.M, pucuk pimpinan organisasi Balai KSDA Yogyakarta dipercayakan kepada Ir. Junita Parjanti, MT sebagai Kepala Balai KSDA Yogyakarta periode tahun 2017 – 2019. Pada pertengahan tahun 2019, Ir. Junita Parjanti, M.T mendapatkan penugasan baru sebagai Kepala Balai TN Gunung Merbabu dan kemudian digantikan oleh Muhammad Wahyudi, S.P., M.Sc sebagai Kepala Balai KSDA Yogyakarta hingga saat ini.