Balai KSDA Yogyakarta merupakan salah satu Unit Pelaksanaan Teknis Konservasi Sumber Daya Alam, yang yang menyelenggarakan pengelolaan konservasi sumber daya alam dan ekosistemnya pada cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, konservasi keanekaragaman hayati ekosistem, spesies, dan genetik, serta koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya dan kawasan ekosistem esensial atau kawasan dengan nilai konservasi tinggi sesuai dengan peraturan perundang-undangan.

Balai KSDA Yogyakarta berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal  Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.

Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup Dan Kehutanan RI Nomor P.17 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksanaan Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem maka Balai Konservasi Sumber Daya Alam Yogyakarta termasuk dalam UPT KSDA Kelas II dan Tipe B, dengan struktur organisasi terdiri atas sebagai berikut:

1. Sub Bagian Tata Usaha: Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program, anggaran dan pelaporan, urusan administrasi kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, kerja sama, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat, advokasi hukum, pelayanan perizinan, dan pengelolaan data dan informasi.

2. Seksi Konservasi Wilayah I dan Wilayah II: mempunyai tugas melaksanakan kegiatan inventarisasi potensi, penataan kawasan dan penyusunan rencana pengelolaan; perlindungan dan pengamanan kawasan serta pemeliharaan batas; pengendalian dampak kerusakan sumber daya alam hayati; pengendalian kebakaran hutan; pemanfaatan berkelanjutan spesies tumbuhan dan satwa liar serta sumber daya genetik; pengawetan spesies tumbuhan dan satwa liar beserta habitatnya serta sumber daya genetik dan pengetahuan tradisional; pengelolaan keamanan hayati, surveilans dan pengendalian penyakit infeksi bersumber dari satwa liar, dan pengendalian jenis invasif; pemanfaatan berkelanjutan jasa lingkungan; evaluasi pengelolaan dan kesesuaian fungsi; pemulihan ekosistem dan penutupan kawasan; operasionalisasi kesatuan pengelolaan hutan konservasi; penyediaan data dan informasi konservasi sumber daya alam dan ekosistem; penyelenggaraan kerja sama bidang konservasi sumber daya alam dan ekosistem; pelaksanaan bina cinta alam dan penyuluhan konservasi sumber daya alam dan ekosistem; penyelenggaraan kemitraan konservasi; dan pemberdayaan masyarakat serta pengelolaan kawasan di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru.

3. Jabatan Fungsional: mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi UPT KSDA sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan yang dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Wilayah kerja Balai KSDA Yogyakarta mencakup seluruh wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta / DIY dengan luas 3.185,80 km², meliputi 4 (empat) Kabupaten dan 1 (satu) Kota, yaitu: Kota Yogyakarta, Kabupaten Sleman, Kabupaten Kulonprogo, Kabupaten Bantul dan Kabupaten Gunungkidul. Sementara itu kawasan konservasi yang pengelolaannya menjadi tanggung jawab Balai KSDA Yogyakarta adalah seluas 632,730 ha meliputi :

1. Cagar Alam (CA) seluas 11,837 ha yang terdiri dari CA Imogiri di Kabupaten Bantul dan CA Batu Gamping di Kabupaten Sleman

2. Suaka Margasatwa (SM) seluas 619,824 ha yang terdiri dari SM Sermo di Kabupaten  Kulonprogo dan SM Paliyan di Kabupaten Gunungkidul

3. Taman Wisata Alam Batu Gamping seluas 1,069 ha di Kabupaten Sleman.

Dalam menunjang pelaksanaan tugas dan fungsi Balai KSDA Yogyakarta, telah ditetapkan 5 Resort yang membantu pelaksanaan tugas Seksi Konservasi Wilayah Balai KSDA Yogyakarta, sebagai berikut :