Pada awalnya SFF Bunder ditujukan sebagai tempat transit flora fauna hingga saat ini SFF Bunder menjadi lokasi penyelamatan satwa dan menjadi tempat stock center rusa di Yogyakarta yang dikelola oleh Balai KSDA Yogyakarta. Sejarah singkat kawasan SFF Bunder dapat diuraikan sebagai berikut :
1995 : Lokasi SFF dibangun direncanakan sebagai transit flora fauna
1996-1999 : Lokasi digarap oleh masyarakat sebagai lahan pertanian
1999 : Masyarakat penggarap dikumpulkan dan dibentuk kelompok tani (21 orang)
2000 : Dimulai kegiatan penangkaran rusa dengan bibit 4 jantan dan 6 betina (Pusat Penangkaran Rusa Timor)
2001 : Terdapat penambahan bibit 2 betina
2002 : Dilakukan penambahan sarana dan prasarana, program inseminasi buatan
2003 : Mulai digunakan untuk pendidikan, penelitian
2009 : Diperkuat dengan keberadaan dokter hewan di SFF Bunder, serta dilakukan perbaikan sarana prasarana pendukung SFF Bunder
2010 : Penamaan “Pusat Penangkaran Rusa” berubah menjadi “Stock Center Rusa" berdasarkan Surat dari Direktorat KKH No. S. 24/KKH-2010, Permenhut No. P.19/Menhut-II/2005)
2011 : Dilakukan program pemberdayaan kelompok tani dan perbaikan saluran air SFF Bunder
2012 : Terjadi perubahan anggota kelompok tani yang semula 21 orang menjadi 16 orang, selain itu juga dilakukan perbaikan kandang
2013 : Sebagai tindak lanjut perbaikan kandang di tahun sebelumnya, pada tahun 2013 dilakukan perbaikan sarana prasarana di kawasan SFF Bunder
2014 : Dilakukan rintisan untuk merealisasikan program Stasiun Flora Fauna (MoU Dishutbun DIY dg BKSDA YK tgl 10 Juni 2014), berupa pembangunan kandang transit satwa, perubahan anggota kelompok tani menjadi 15 orang, serta tidak diperkenankan lagi adanya penggarapan lahan.
2015 : Dilakukan pemindahan satwa sitaan/ serahan masyarakat dari kantor SKW 1 ke SFF Bunder. Sejak tahun 2015 ini SFF Bunder mengelola transit satwa sitaan/ serahan masyarakat sekaligus Stock Center Rusa. Di tahun 2015 juga dilakukan rekuitmen perawat satwa sitaan/ serahan masyarakat sebanyak 4 orang perawat Rusa, sedangkan kelompok tani perawat rusa tinggal 11 orang.
2016 – sekarang : Kawasan SFF Bunder diarahkan untuk mendukung pengembangan konservasi spesies dan genetik melalui pengelolaan jenis dan genetik rusa secara eks-situ; Penyedia bibit/ indukan rusa mor yang unggul bagi masyarakat; serta Mendukung kegiatan pendidikan dan Penelitian